目前为止，日本脑炎的治疗并没有很大的突破，仍是以支持疗法为主，给予生命症候的支持，以及降脑压药物。病患的预后，与其年龄很有相关，一般年幼及年老者，死亡及有后遗症的比例高。1/2-1/3存活者在数月至一年内会出现如瘫痪、无力、抽搐、步履不稳等现象。超过一半的存活儿童，在发病后一年后仍有脑波之异常。
四分之三的存活者，在发病五年后，仍然有行为或精神状态方面之异常。我们已经知道日本脑炎的死亡率及后遗症相当可观，在目前尚未有很有效的治疗方法，“预防”将是重要的方向。
防治政策（预防胜于治疗）
１．预防注射：加强婴幼儿（15个月以上）接种日本脑炎疫苗：每年3-5月。未接种疫苗的小朋友宜尽早接种，至于成年人因注射疫苗后有可能出现过敏反应，卫生署既不反对也不赞成也不积极鼓励成年人自费接种。通常疫苗会在接种后的6~8周产生抗体。日本脑炎疫苗属于非活性疫苗，其免疫力持续性并不佳，所以基础剂需接种二剂，隔年接种第三剂，并于国小一年级追加接种一剂。根据研究得知，日本脑炎疫苗的保护力约5~10年，因此日本脑炎疫苗最有效而安全的接种数是4~6剂，如果超过六剂将容易产生过敏情况，故建议接种疫苗剂数不要超量。 至于日本脑炎疫苗的效力可达95%以上，如果完成基础接种则预防效果几乎可达100%。
２．监控猪只抗体阳转情况以预测流行期：在台湾北部（新竹）、中部（南投）、南部（屏东）、东部（花莲）等四处定期侦测猪只日本脑炎抗体。
３．彻底扑灭脑炎的中间媒介一蚊子:清除蚊虫孳生源，喷洒杀虫剂灭蚊。
４．卫教宣导: 避免在傍晚至黎明病媒蚊活跃期间外出活动穿着长袖长裤，使用蚊帐或驱蚊剂以避免蚊虫叮咬。应远离稻田、沟渠、草地及畜栏等处。
结语
所以家长们要记得年满一岁三个月的儿童，在3-5月间要注射日本脑炎疫苗。除非是罹患比感冒还严重的疾病如发高烧，或是对疫苗有过敏或不良反应之外，其余的儿童都应尽速完成接种。由于一岁以下之婴儿罹患日本脑炎极端罕见，考虑疫苗效益，并不常规接种。