日本脑炎的流行区分布极广，包含了大部份的亚洲地区，北迄苏联的东南部，南达印度尼西亚的南部。西边的界限是位于印度西岸的Goa。东边的界限在北方是日本，台湾与菲律宾。在中国，除了最西边的西藏、新疆两省外均有日本脑炎的足迹。
日本脑炎病毒是流行在亚洲地区的一种夏季脑炎，其发生的地区包括西伯利亚、日本、中国大陆、朝鲜半岛、菲律宾、印尼、关岛、印度、马来西亚、等。
日本脑炎的流行受气候与季节两大因素影响，病例高峰期和雨季、台风也有关系。由此特征可区分为两种流行型态，在热带区域的流行为散发性，全年皆有，无季节性，南印度、印尼、马来西亚、新加坡、泰国南部的流行属于此类。
热带区域北部的流行则有明显的季节性，主要发生在夏季，尤其是雨季结束的时节，此时病媒蚊的群数最高，发生的型态是爆发性，通常持续2~3个月。中国、日本、台湾、印度北部、泰国北部、缅甸北部、越南的流行属于此类。在东南亚地区，4~11月为好发时期，台湾近年来的主要传染期是5~10月，而6月则为流行的高峰。3~9岁以下的孩童为最主要的感染对象，但近年来发现，感染年龄有提高趋势，甚至成人（最有可能被感染的族群是在30~40岁的年龄层）也有病例发生。
鉴别诊断
从患者的临床表征来确认是否为感染要件：
１．发热、发烧达三十八度以上。
２．颈部僵硬伴有恶心，呕吐或头痛。
３．痉挛或抽搐。
４．嗜眠或木僵。
５．面部痲痹或牙关紧闭。
６．四肢僵硬、挛缩或不随意运动。
患者若有上述其中之一者，为疑似病例；当疑似病例具有前三项主要症状及最后三项中任何二项以上时称为典型病例；当疑似病例不能具有前三项之全部或具有前三项，但没有或具有最后三项之中一项者称为非典型病例。当发生典型的临床症状后，医师还会进一步与其他疾病作鉴别诊断，因为日本脑炎与肠病毒、腮腺炎病毒、霉浆菌、泡疹病毒及其他病毒引起的脑炎及脑膜炎、细菌性膜脑炎或脑脓疡、结核性脑膜脑炎、阿米巴脑膜脑炎等，在外显症状上会有极为类似的症状，临床上分辨并不容易，必须进行脑脊髓液的病毒培养和血清抗体检查的帮忙才能确定。包括酵素免疫分析法-ELISA测IgM专一抗体（早期有70%阳性率，一周后阳性率将近100%）、血球凝集抑制试验-HI和中和抗体中和试验-NT等。