干扰素之临床应用研究是从1966年开始的。当时的干扰素来源完全是从体外培养的白细胞分泌物提取的，也称做天然型干扰素，纯度和产量都很有限。主要用于治疗急性白血病、Hodgkin病、黑色素瘤等。
1979年底，日本科学家谷口先生带领的研究团队首先从人类β干扰素产生细胞中抽取的mRNA进一步得到了cDNA clone，将其导入大肠杆菌后生产出大量重组的β干扰素，并确定了蛋白质的氨基酸序列。接下来的两年，人类α干扰素和γ干扰素的cDNA clone也分别被成功地导入大肠杆菌。
高效能生产干扰素之大肠杆菌菌株的培养成功为体外大量制造人类干扰素创造了条件。但做为原核生物的大肠杆菌，所制造出来的重组蛋白并没有真核细胞的修饰功能，即这些蛋白在结构和组成上与天然的人类干扰素是有差别的。
为了使生产的重组蛋白在结构和功能上更接近天然的人类干扰素，科学家用动物细胞代替大肠杆菌细胞，用卵巢细胞“CHO细胞”成功地制造出同天然型β干扰素非常类似的糖蛋白,并应用于多发性硬化症的治疗中。
干扰素做为治疗用医药品的开发象征着从研究走向实际应用。除了规模化生产之外，其纯度、剂型、投放途径、诱导体的研发、合并其它药物使用之疗效、安全性、毒性、副作用等都是所要回答的问题，也包括动物实验及人体实验。
从天然型干扰素到人工干扰素，注入到人体内产生抗体的问题也随之出现，已有高活性的人工干扰素，可以以极少的投放量来避免抗体的产生；与其它化合物如PEG结合型干扰素的开发也可以减低干扰素在体内产生抗体的反应，并已经用于C型肝炎的治疗。