（１）菌种培养
因披衣菌是属绝对细胞内寄生菌，故不能在人为培养基上生长，因而收集后的检体需种在活胚胎鸡蛋卵黄囊上生长，或接种在细胞培养之活细胞中，然后再染色观察，此法较为繁复。
（２）抗原检验
直接以棉花棒括取受感染管壁内层表皮细胞，而后直接用试剂测试菌体的存在，其敏感性及特异性高，缺点是取样不便，尤其男性取样就更为困难与不便。
（３）血清抗体试验
以抽血方式，使用血清以IPA，或补体结合试验或免疫萤光试验方式，测试其抗体IgM，IgG，IgA的存在，用以判断是否感染，优点是采取检体方便，抽静脉血即可，特异性也高，缺点是曾经感染过披衣菌，并经治愈后，体内可能留有IgG抗体，但抗体效价不会超过1：64X，而且治愈完全者也不会有IgM及IgA存在。
八、披衣菌的治疗
常用的药物有四环霉素、红霉素、磺胺类药物〈只对砂眼有效〉及立放平〈Rifampin〉等，怀孕妇女最好使用红霉素。目前尚无疫苗可预防披衣菌感染，怀孕妇女感染披衣菌，其新生儿可以使用四环霉素或氯霉素药水点眼来预防新生儿结膜炎，但0.1%的硝酸银眼药水并无预防效果。
九、感染披衣菌后建议
披衣菌感染后，因大部份的人可能不自觉会有症状.故不会想去治疗或预防，所以散播力很强，所以由披衣菌所引起的非淋菌性尿道炎，已非常普遍，实不容忽视，且同时由披衣菌感染所造成的不孕症原因，似乎也愈来愈多。建议患者经确认得披衣菌后，其性伴侣应同时检查并接受治疗，而在性行为上，应全程戴保险套，以防彼此乒乓感染，并可能使披衣菌对药物产生抗药性。然因披衣菌是生长在细胞内，且较往深层生长，故治疗起来比一般细菌为久，也较为困难，所以需耐心接受治疗，并定期作检验，才不致已产生抗药性了还不知道。依患者检验结果，经医师用药后，最好在用药期间10-14天再检验一次，查看药物有无效果，而后定期每10-14天再复检一次是否产生抗药性，直至治疗完全为止，而后建议停药3-4周后再检测一次是否复发，应为较安全保险作法。