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2003年11月，美国农业部公布第一例美国本土的狂牛症病只，世界各国纷纷将美国列为狂牛症疫区，除非七年内不再传出牛只的狂牛症案例，否则不得进口美国牛肉及相关畜产品，当时美国为了维护其畜牧业的利益，辩称该病牛是来自早已是狂牛症疫区的加拿大，经过一年的观察，直到去年年底，又爆发第二例的狂牛症病牛，美国农业部的实验室对病牛采样，同时进行二项狂牛症的检验，快速检验为阳性，脑组织免疫检测（Immunohistochemistry）为阴性，美国农业部担心影响牛肉市场，坚称脑组织免疫检测的结果可供采信，虽然美国消费者联盟（Consumer Federation of America）不断呼吁，美国农业部悍然拒绝，回避更进一步的检验，后来美国农业部内部稽查人员认为不妥，将疑似狂牛症病只的脑组织样本送到英国最权威的实验室，进行西方墨点试验（Western Blot test），2005年6月证实无误，确实是美国本土的狂牛症，科学家认为脑组织免疫检测只是将很薄的脑组织切片进行免疫染色，切片位置可能刚好没有落在病灶处，因此查不到导致狂牛症的异常蛋白质粒子，西方墨点试验的做法是将脑组织样本磨成碎片，经过电泳分离，以免疫抗体标定之后，再用萤光试剂或放射线同位素呈现影像，过程较复杂烦琐，但不失为较保险的做法，目前的建议是脑组织免疫检测与西方墨点试验同时进行，确保不会疏漏。
美国在台协会处长（AIT）包道格公开喊话，要求台湾开放美国牛肉进口，他认为最近确认的第二例狂牛症案例，只是重新检验一个旧样本，日本要求美国针对每一头屠宰的牛只进行狂牛症的检验，估计每一头牛的检查费用是美金25至35元，一年下来必须增加十亿美金的成本，美国方面评估不可行，只愿意针对30月大以上的肉牛进行检验，日本因此一直不肯批准美国牛肉重新进口，贩售到市场上的肉牛，其中大部分的年龄都未达30个月，包道格所谓旧样本的说法，只是证实了美国肉牛筛检过程大有问题，即使只是一个旧样本，也代表着狂牛症的潜在风险是个可怕的未知数。台湾方面有人公然辩称进口美国牛肉都是30个月以下的肉牛，不会感染狂牛症，根本就是无稽之谈，因为狂牛症的检验都只针对30个月大以上的肉牛，自然不会有30月个以下的肉牛的案例。
狂牛症最教人害怕的是牛只方面并无可供预防注射的疫苗，也无可行的治疗方法，受感染牛只的内脏、骨头、牛肉制品可能透过食用，在人体所引发变异型库兹费德－雅各疾病，狂牛病特征是无症状的长潜伏期，一旦症状出现则可持续几天到几个月，增加防治困难度，其病原对热、紫外线、辐射照射及消毒剂均有很强的抵抗力，很难用一般物理或化学灭菌方法加以破坏，即使牛肉熟食，仍难保安全无虞，有问题的牛肉，只有完全销毁一途。人类罹患变异型库兹费德－雅各疾病，在无症状的潜伏期，万一跑去捐血，或者捐赠器官，那些接受输血或器官捐赠的病患可能就跟着遭殃。
美国牛肉有其他替代品，纽西兰、澳洲的牛肉也可以考虑，或者改吃猪肉、羊肉其他肉类，狂牛症的疑虑尚未消除之前，牛肉还是少碰为妙！