常被询问关节风湿或皮肤红斑为何要服用抗疟药物，自1943 hydroxychloroquine（第四代抗疟药物）即被使用于全身红斑狼疮和类风湿性关节炎的治疗。此药药效须待治疗三至四个月后，待血中达到稳定浓度后才出现。Hydroxychlorocoquine可以控制轻度关节炎、红斑和降低自体抗体效价而使类固醇的需要量减少。在类风湿性关节炎为病程修改抗风湿药物之一，也是耐受性最好的。此药可和其他病程修改抗风湿药物一起使用以达到治疗效果。
抗疟疾药物对红斑狼疮之皮肤症状特别有效外，对骨骼肌肉、肋膜炎、轻度的心包膜炎、倦怠和体质性症状如发烧也有改善的作用，另外可以降低总胆固醇及低密度脂蛋白，减少静脉栓塞及冠状动脉疾病的危险。其它的作用机转为增加细胞的pH、阻抗紫外线(UV light)、减少发炎、免疫反应减少。在许多SLE患者抗疟药物可减少类固醇使用剂量，这类药物可让SLE患者增加对阳光的耐受性，及减少轻紫外线照射所产生的红斑皮肤表现，另外药物的治疗可以减少狼疮的复发。
类风湿性关节炎及红斑狼疮患者以低剂量抗疟疾药物治疗，耐受性大多良好，副作用不常见。少数病患有轻微肠胃症状如轻微恶心、呕吐及腹泻；偶有病患有过敏、皮肤色素沉淀、头痛、头晕、失眠等。另外高量抗疟药物曾有视网膜病变报导，但在低量及定期的眼科检查抗疟药物引起的视网膜病变危险性很低，若有这些变化，停药后即会改善恢复的。建议服用抗疟药物患者应每半年至十二个月到眼科定期追踪检查。