日本脑炎主要是感染三至九岁的儿童，当然成年人也有可能会被传染，但台湾的流行一直以小孩为主要患者，而小于一岁的小宝宝，因为在母亲抗体的保护之下，不容易被感染。不幸得到日本脑炎者，据统计10%-30%会死亡，20-30%会有发生严重的脑部功能障碍，或是运动神经障碍，因此，千万不得轻忽日本脑炎带来的伤害。
日本脑炎的死亡率约在30％，10岁以下的小孩子及大于65岁老人死亡率比上述的数字更高。日本脑炎的后遗症包括智力受损、情绪不稳、个性改变、神经动作无力、语言能力受损等。
日本脑炎大部分是无症状的感染，根据资料显示，大约只有两百或三百分之一，这么小的机率，才会进入脑膜炎的阶段。
日本脑炎的症状包括发高烧、头痛、颈部僵硬、呕吐、腹痛、感觉神经异常、意识状态的改变，在初期阶段，可能还会有嗜睡的情况发生，接下来进入讲话不清楚，或是胡言乱语、不知道在说什么的情况，最严重的，还可能会完全昏迷并且无意识状态；另外有10～20％的病人，会有全身性的抽筋，而有些病人则是会有局部性抽筋；还有肢体神经功能的改变，由于日本脑炎的病毒，很容易侵入脑部的基底核，而基底核是与人的运动协调有很大关系的部份。所以病人可能有动作僵硬或是不自主的颤抖发生，还会有关节反射动作异常等现象，另外有些病人还会有部分肢体无力的情形。
近几年来台湾的流行日本脑炎情况并不多见，这都是由于施打预防疫苗的结果，因为政府从西元1968年开始宣导施打疫苗，确定的报告病例并不多，另外，居家环境卫生的改善，还有减少蚊虫叮咬，都是日本脑炎个案减少的原因之一。但若是不幸罹患日本脑炎，就应该到专门的医院去做治疗，而到目前为止日本脑炎并没有根本的治疗方法。因此，以日本脑炎而言，预防比治疗来得有用。
预防日本脑炎最好方法就是施打疫苗，日本脑炎疫苗为不活性病毒疫苗，为皮下接种。因为施打日本脑炎疫苗的副作用比例非常低，因此最好是单独施打，不要与含有佐剂的疫苗像是三合一、B型肝炎等疫苗一起注射，以免引起的比较大的副作用。由于日本脑炎大部分是在夏天时，经由三斑家蚊叮咬之后，所引起的病毒性脑炎，但是只要可以按时注射预防疫苗，并且注意居家环境卫生及避免被蚊虫叮咬，其实日本脑炎也是可以预防的。
日本脑炎疫苗接种的时间，第一剂是在宝宝年满15个月后的春天施打；第二剂是在第一剂施打完成后的二周；第三剂是在隔年春天的春天施打；第四剂就要等到宝宝长大，上了一年级之后再施打。
请妈妈一定要记住，施打日本脑炎疫苗时，需与三合一疫苗、Ｂ型肝炎疫苗间隔一个月的时间，而当您的小宝贝发高烧或有严重疾病时，都不能施打喔！另外，若是在打完疫苗之后，有时宝宝注射不为会出现红肿疼痛的现象，若有皮肤起红疹过敏的问题，则要赶快就医。除此之外，一定要注意居家环境卫生，保持环境的整洁、避免宝宝被蚊虫叮咬，日本脑炎就不会侵入宝宝的小脑袋！