建议接种的对象包括：年龄大于六十五岁，特别是患有慢性心脏肺脏疾病、糖尿病、肾脏病、免疫功能不全者，安养院的老人及病患，高危险群之照顾者如医疗人员及看护。此外，重大伤病的患者也应该接种。六个月之内的婴幼儿，由于制造抗体的能力还没发育成熟，临床上并不建议注射流感疫苗，六个月到满三足岁以前，建议施打半剂，满三足岁到满七足岁以前的儿童，建议施打一剂，七岁以前若为初次注射，建议施打两次，间隔四个星期。若为第二次注射，则建议施打一次。由于政府并未开放给儿童免费使用，因此必须自费施打。由于产生抗体需要两个星期的时间，所以高危险群的人应尽快施打疫苗。
根据疾病管制局的资料显示，今年十月份开始，欧洲及北美洲即陆续出现流感病例增多事件，包括英国、爱尔兰、丹麦、挪威、荷兰、葡萄牙、西班牙、瑞士、美国、加拿大等国家，都陆续报告A型福建型流感病毒为主要的流行型别。而且这些国家的流感盛行季似乎有提早来到的现象，且有10余名儿童及年轻人死亡病例传出，惟这些死亡病例均为散发病例而非聚集，且死亡数亦未超出其预期值。台湾流感盛行时间一向比欧美来得慢，目前日本、香港、台湾等亚洲地区并没有流感大流行的讯息，因此民众不必过度恐慌。台湾地区通常在十二月下旬左右开始进入流感盛行期，因此估计未来二周左右类流感病例数会有较增加的情形。
A型福建株流感病毒虽未涵盖在今年的流感疫苗组成中，但是根据国内专家意见及国外资料显示，目前的疫苗组成对福建型病毒仍具有交叉保护的效果，且能降低疾病的严重度。
对于已经不幸得到流感或者症状很像流感的患者（又称类流感），疫苗就没有办法提供保护力了，由于最近几年抗病毒药物研究的突飞猛进，流感病毒已经有新型药物可以治疗了，这种药的中文名称为“克流感”（商品名Tamiflu）。这种药物是可以分解流感病毒外套的蛋白脢，连续服用五天后，可以使得病毒失去感染力，让患者迅速康复。
虽然这种新药非常昂贵，疾病管制局为了防堵爆发大规模流感疫情，还是准备了120万剂的抗病毒药物，已经于92年12月15日起开放这种口服新药的使用。免费的对象包括六十五岁以上的老人，出现类流感的症状48小时内。建议早晚服用一颗，连续服用五天。不合于免费规定的患者，建议自费购买三到五天的份量来服用。只要症状很像流感，越早服用效果越好。
预防流感除了可以施打疫苗外，请民众务必注意室内空气流通、避免出入公共场所、养成洗手的习惯、充分的睡眠、适当的保暖及运动，以预防感染；若民众出现发烧情形，应戴口罩、尽量在家休息；如有不适症状，请勿掉以轻心，应立即就医，确保健康。