尽管人体的免疫活性细胞中存在着针对自身成分的免疫细胞，但自我识别机制使得通常人体的免疫系统对自身组织成分并不产生免疫反应。然而，由于由于下面的原因则可能造成自体免疫反应的发生。（1）由于损伤，使得某些原本被隐蔽着的成分因暴露出来而成为不被免疫系统识别的外来抗原，受到攻击。（2）当原来被视为自身成分的物质因为某种外界因素的作用而发生了改变，免疫系统就会把他看做是外来物。（3）人体的某些成分与细菌、病毒等外来抗原成分有交互反应性，当免疫系统对这些成分发动进攻的同时也造成了含有这些成分之组织的损伤。（4）免疫系统的自我辨别机能被破坏。
自体免疫性疾病是一种重复性很高的疾病，一个人可能同时患一种以上的自体免疫疾病。且遗传因素是这一类疾病的主要相关因素。按照自体免疫反应所造成组织/器官损伤的范围，自体免疫性疾病可分为器官专一性和全身性两大类。其中，类风湿性关节炎、红班狼疮、多发性硬化症、自体免疫性贫血、胰岛素型糖尿病等疾病，对一般人来说并不陌生。
有趣的是，女性患有这一类疾病的比例要明显高于男性。虽然这种现象早已被注意到，但原因却仍不十分清楚。在目前自体免疫性疾病的研究越来越被重视的今天，包括全身性红班狼疮（SLE）在内疾病之发病机转的研究成为十分热门的课题。与此同时，诸如性别、荷尔蒙等因素在疾病中所扮演之角色这些早已被发现却至今无法解释的现象，也被列在科学家希望探讨的重点之列。随着答案的一一明了，人类将会找出治疗自体免疫性疾病的真正方法。