肠病毒感染常常造成口腔及肠胃道黏膜病变，特别是克沙奇病毒；其中泡疹性咽峡炎是由克沙奇病毒A4所造成，病灶非常痛并且以逐日扩大，甚至可以到1公分左右的范围，泡疹性咽峡炎黏膜病变常见于口咽部的后半部、硬腭、舌头等部位，典型的症状是突发的中度到重度约为摄氏37到39度的发烧、喉咙痛，其余的症状包括全身肌肉痛、四肢无力、胃口不佳、燥动不安，一般而言，泡疹性咽峡炎是属于自限性的病毒感染，大约三到五天便能自行缓解。

手足口病也是由肠病毒感染的，尤其克沙奇病毒A16最为常见，容易发生及于学龄前学龄儿童，造成硬腭与软腭交接处、舌头、口腔粘膜与脚掌手掌的病变，病变为零点四到零点八公分的水泡逐渐成为疼痛的小型溃疡，其余的症状也包括中重度发烧、胃口不佳、燥动不安，并于一星期左右逐渐缓解。目前肠病毒感染之手足口病及泡疹性咽峡炎的诊断，仍然需要临床医师的医学理学检查以及病人的临床症状观察来做为主要的判断依据，譬如口腔病灶的位置、病灶的形状大小、合并的症状、复发的情形。

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