美国每年都有约一万八千名的志贺菌感染病例，不过实际数字应该更多，因为很多较轻微的病例并没有被报告。特别是在公共卫生环境较差的区域，志贺菌感染的病例是其他区域的二十倍，志贺菌的感染一般在夏天比较常见，而且2-4岁的孩童特别容易受到感染。
志贺菌感染所造成的腹泻并不具备特异性，在很多种的病菌感染后都可能出现，所以临床上可能在成混淆。在诊断志贺菌感染造成的疾病时必须仰赖检验人员在粪便检验中找到志贺菌感染的迹象，不过因为志贺菌的诊断并不是现行医院中的常规检验，所以需要医师在处理时特别联络检验人员，在有了完整的细菌学检查与药物敏感性试验之后才较能妥善的治疗志贺菌感染。
志贺菌的感染多半需要服用抗生素，最常用的抗生素包括ampicillin、trimethoprim/sulfamethoxazole（商品名为Bactrim）、nalidixic acid或 ciprofloxacin。适当的抗生素治疗除了可以治疗病患、缩短病程之外，也可以减少肠道排泄的细菌，以减少传染力。不过，有些志贺菌对传统的抗生素治疗已出现抗药性，增加了治疗上的复杂；有些轻微的感染可以不必服用抗生素在短时间内自行复原，所以使用抗生素与否还是应该取决于病况的严重程度。强力的止泻药（商品名为Imodium）一般并不建议使用于此类病患，因为病情可能因为病菌滞留于肠道而加重。
一般而言，志贺菌感染所造成病患的腹泻应该都会完全复原，虽然有一些肠胃不适会持续一段时间，但是终究都会完全复原的。大约有3%的病人会感染一种特别的志贺菌（Shigella flexner i），而会在感染后导致关节炎、眼部不适与解尿疼痛，这样的病人成为赖特氏症候群（Reiter''s syndrome），而这样的症状可能会延续几个月到几年，进而导致难以治疗的慢性关节炎。赖特氏症候群并不是每一位志贺菌感染的病患都会出现，主要是取决于菌种与病患本人的体质，意及基因对于此类感染的反应而决定。一旦病患感染了志贺菌，在未来的几年之中对于相同菌株的感染是具有免疫力的，但是却依然有可能感染到志贺菌中的其他菌株，因此不可不慎。
志贺菌的传染主要是经由粪－口传染，也就是被之前感染病患排泄物污染的饮食而传染，而且即使在先前的病患已经感染一到两周后也依然有可能造成传染，所以一般而言，只要注意基本的饮食卫生与勤加洗手便可以避免传染的。特别要小心的是处理饮食的摊贩，偶而会因为忽略洗手而导致疾病传播，此外，家人之间与儿童的玩伴都可能是传染的来源。
现阶段对志贺菌感染是没有疫苗可以注射的，不过由于志贺菌的传播是经过人与人接触传染，所以只要常加洗手、避免不洁的饮食，基本上并不会很难预防。有关洗手的建议并不是只建议于儿童，而是所有年纪的人都需要，已经感染的人在被证明已不再带原的情形下才可以准备饮食。如果是还在包尿布的儿童感染的话，一定要确定换下的尿布要妥善处理并且丢弃，否则也是有传播疾病的危险。另一方面，时常照顾婴幼儿的保母也需要特别小心。
预防志贺菌感染的小诀窍
．常用肥皂洗手。特别是上厕所之后、换尿布之后，以及准备餐点之前。
．妥善处理用过的尿布。
．仔细清洁换尿布的区域。
．腹泻的儿童暂时不要上学或到托儿所。
．仔细教导儿童洗手的重要性，并适时监督，特别是在上厕所后。
．腹泻的人不应该准备饮食。
．遵守“煮开、煮熟、剥皮或是不要吃”的原则（boil it, cook it, peel it, or forget it）
．避免喝入游泳池的水。