什么叫做〝自体免疫疾病″呢？一般在人类的免疫系统中，由B淋巴球制造许多的抗体来对付外来的细菌、病毒，而在某些异常的情况下，B淋巴球制造出来的抗体，对于身体的器官或组织会有作用，进而破坏自已的器官或组织造成疾病；有许多疾病是由这一种机转造成疾病的，我们统称为自体免疫疾病。肌无力症本身也是一种自体免疫疾病，主要是体内产生抗乙醯胺受体的抗体，影响神经肌肉交接处，临床产生无力的现象。
而造成自体免疫疾病后亦倾向会造成其他的自体免疫疾病，根据本院统计694位肌无力症病人，合并有其他自体免疫疾病的情形如表一；合并有甲状腺功能亢进者63位(9％)，白斑病3位(0.4%)，年青型糖尿病2位，类风显关节炎1位，系统性狼疮(SLE)1位，急性泛脑脊髓炎1位，溶血性贫血症1位，纯红血班贫血症1位及紫斑症1位。显然地发生其他自体免疫疾病的比例较正常人高，除了临床上会显现有症状之外，病人的血液中其他自体免疫疾病抗体的阳性率亦会增加，但还不一定是代表合并有其他的自体免疫疾病，可定期的作追踪，或找相关的专家讨论，以进一步了解是否有合并其他的自体免疫疾病。有些病人在其家属的成员中会发生其他的自体免疫疾病，显然地，自体免疫疾病中，遗传体质的因素占一重要角色。因有特殊的遗传体质，故有倾向会造成其他自体免疫疾病。
在肌无力症病人中，若合并有其他自体免疫疾病应两病一起治疗，可加速此两种疾病的痊愈。自体免疫疾病除遗传体质外，外在环境，自已身体的健康情况亦是相当重要的，双管齐下，一石两鸟，效果会更明显的。