自体免疫疾病的病人血清往往可以测得到自体抗体，这可以作为疾病诊断的依据；然而，某些免疫疾病测不到自体抗体，或者某些自体抗体存在于多种自体免疫疾病的病人血清，而增加疾病诊断的难度。
以自体抗体抗核抗体（ANA）来说，可能代表是全身性红斑性狼疮（SLE）、药物引起之狼疮（Drug -induced Lupus）、休格兰症候群（Sjogren syndrome）、硬皮症（Scleroderma）、多发性肌炎（Polymyositis）、类风湿关节炎（Rheumatoid arthritis）、混合结缔组织病变（Mixed connective tissue disease）等等多种自体免疫疾病。
再以好发于20到40岁女性的全身性红斑性狼疮（SLE）来看，全身性红斑性狼疮病人血清往往可以测得到多种自体抗体，包括：抗sm抗体、抗RNP抗体。