AIDS相关性癌症如：淋巴瘤及伺机感染(OI)亦可能对神经系统造成影响；神经性症状在感染初期可能轻微，但在疾病末期可能变得严重。每个病患表现出的并发症各大不相同，一种AIDS患者常见的伺机感染：大脑住血原虫症会造成像头痛、困惑、疲倦及轻微发烧的症状；其他症状包括：虚弱、说话含糊不清、运动失调、失用症、抽搐及感觉丧失。
另外，AIDS病患常见的一种进行性多病灶白血球脑部病变（PML）会造成虚弱、半边麻痹或脸部虚弱、语言障碍、视力丧失及运动失调等神经症状；有些PML的病人亦会出现记忆力及认知力减弱的现象。