于急性感染期，血液中CD4+ T细胞数目会下降20%至40%，目前科学家尚未知悉这些细胞是否是由HIV所杀死，还是离开血液到淋巴器官中准备启动免疫反应。暴露于病毒二到四周后，约有70％HIV感染病患会有类似感冒的症状，病患免疫系统会派出杀手T细胞（CD8+ T细胞）及B细胞产生的抗体来对抗疾病，而HIV浓度会奇迹似地下降，此时，病患体内CD4+ T细胞数可回升至原来的80-90%，随后的几年，病患可能不会出现HIV相关症状，虽然HIV于淋巴器官中持续复制。
HIV如此独特的原因为：虽然身体的免疫反应足以清除大部分的病毒，然而某些HIV总可逃过一劫，这是由于在HIV复制的过程中发生高频率的突变，即使病毒无法以突变方式逃过身体免疫系统，然而由于对抗HIV的细胞在最初感染后会快速复制，最后耗尽且消失，使得HIV逃脱并持续地复制。除此之外，HIV感染初期，病患可能会利用失去HIV特异性CD4+ T细胞反应来减弱病毒的复制，此反应包括：干扰素及其他抗病毒因子的分泌，CD8+ T细胞之谐和作用。
西方国家大型流病研究中，病患自感染HIV到出现AIDS相关症状平均约需十到十二年，然而，研究者亦观察到此病进展之变异性；其研究中约有10%HIV感染患者在感染后的头两到三年内会发展出AIDS病症，而约有5%的患者体内有稳定的CD4+ T细胞数，且在12年后亦无AIDS症状出现。
不同个体间的年龄或基因变异、不同病毒株的毒性以及共同感染其他微生物等因子亦可能影响疾病发展之机率及严重性。服用对抗与AIDS相关感染的药物可改善并延长HIV感染患者的寿命。
HIV共同接受器与疾病之进行。近期研究显示：感染性最高的HIV病毒株是运用一共同接受器分子称为CCR5，伴随CD4分子进入目标细胞；若HIV患者此接受器基因突变，则他的疾病发展会比一般具有此正常基因的患者来得慢，突变其他HIV共同接受器基因亦可能影响疾病的发展。
病毒浓度可预测疾病的发展。许多研究显示，血液中具有高浓度HIV的患者较易发展出新的AIDS相关症状或甚而死亡。例如：于一项多中心AIDS群体研究(MACS)中，研究者证实：感染后，病患血浆中的HIV浓度可以预测疾病发展的发生率，意即病患体内若具有高浓度的病毒，则倾向快速发病且症状严重。MACS及其他研究亦适时提供HIV患者重度抗反转录病毒治疗，并例行性进行血液测试测量病毒浓度随时开始、监测并修正抗HIV疗法。
新的抗HIV药物混合疗法通常包含一蛋白脢抑制剂及两项反转录脢抑制剂，其可降低病患体内的病毒量，并延缓HIV的发展，然而，抗反转录病毒疗法目前尚未完全且不能永久抑制病毒。近来的研究显示：病患即使接受重度抗反转录病毒治疗，血液中很难侦测到病毒，HIV仍可于休眠之CD4+ T细胞中持续以复制型态存在；目前，全球的科学家正在研发下一代的抗HIV药物。