A、肺活体切片 (Lung biopsies)：
比较其它的切片方式，胸腔镜较穿刺切片能拿到较多的检体，并能直视病变本身。 比较传统开胸方式，不但伤口较小，而且可以观查胸腔内的全貌，所以胸腔镜应用在此方面十分广泛，它的优点是侵袭性小 (2-3个1-2cm伤口)，危险性低，组织采样足够，胸腔检视广泛 (可看相伴随的其它病变)，以及时间短 (15-30分钟而已)，恢复快 (隔天即可恢复)等优点。过去认为呼吸衰竭须使用机械辅助通气以及高 PEEP 的情况不适合使用胸腔镜，但目前笔者不认为这是一个胸腔镜作切片的禁忌，因为即使不能单肺通气的方式一样可经由胸腔镜施行，没有什么困难。
B、肺肿瘤与小结节 (Lung mass and nodule)：
这种疾病有相当多的场合可以应用到胸腔镜的手术，比如肿瘤本身无法由传统的方式，如支气管镜或经皮下穿刺得到诊断，这时可考虑使用胸腔镜。手术时先在 camera port (常见为第七肋间腋中线的位置)，找到病变所在再打 working port， 以手指触摸确定肿瘤位置并探测其特征。如果肿瘤小于 2cm 并位于周边，可使用内视镜专用钉合器将肿瘤切下，为求肿瘤切下有一个安全的距离，通常需要数支钉子切离。为求减少多余肺组织的切除，可考虑辅以 Nd-YAG 雷射切割的方式。切下标本须送病理化验，如果良性则不须后续处理，如果恶性则须考虑可切除抑或不可切除。如果可切除则将原 working port 扩大或另作 working incision， 以内视镜辅助迷你开胸的方式作肺叶或全肺切除术，并作淋巴结廓清。另外针对恶性肿瘤，胸腔镜也可与纵隔腔镜 (mediastinoscope) 相辅相成，对肿瘤的分期，尤其是肿瘤对肋膜与纵隔腔结构的侵犯，肋膜腔扩散与积水，以及淋巴腺侵犯提供重要的线索。另外对于高危险群或肺功能不佳的病患，不管恶性或良性，只要胸腔镜做得到的，应尽量考虑作胸腔镜手术。
C、复发性气胸 (Recurrent pneumothorax)：
自发性气胸 (spontaneous pneumothorax) 中有部份病人有气泡 (bullae or blebs) 的形成，这种情况多发生于肺尖 (apex)，下叶顶端，肺裂以及尖缘处。使用胸腔镜可将气泡切除，并作肋膜沾合术以减少疾病的复发。
D、大泡型肺气肿 (Bullous emphysema)：
有一些慢性阻塞性肺疾 (COPD)的病人有产生大气泡 (bullae) 会压迫正常部份的肺脏。这些病人通常会有相当程度呼吸困难的症状，但特别的是，这类型病人通常对于麻醉中的单肺通气有相当好的耐受性。使用内视镜手术并用自动钉合器钉除肺大泡。术后漏气的情况并不少见，尤其是先前已经有使用类固醇的病人。 对于病人使用肺膜黏合术 (pleurodesis)，包括机械磨擦，注四环霉素，喷灰粉(talc)，或肋膜切除术皆可改善其症状。