虽然目前发展了许多改善忧郁症的药物，但是医学界对于忧郁症真正的致病机转仍是有许多谜团。讽刺的是，许多的医学专家对于忧郁症的了解，是从药物的疗效去反证出可能的致病原因，例如增加大脑中血清素的量，可以改善病人忧郁的情形，所以可以证明血清素和忧郁症有关。
大脑传递讯息时如想要把手抬起来，先有这个想法，然后大脑释放出这个讯息，透过神经传导物质的中介，把讯息传到手上的肌肉将手抬高，但是神经与神经之间是没有连接的，须要靠神经传导物质连结，而血清素就是属于这类的物质之一。
神经本身具有回收神经传导物质的功能，这是一个制造、回收循环机制，忧郁症被怀疑是血清素变低有关，若是将回收的系统阻断，那就可以减少血清素被回收的量，虽然没有办法真正增加血清素的量，制造的过程仍持续进行，所以相对血清素的量仍可因没有被回收而有提升。
百忧解的作用机转是选择性血清素抑制剂。它神奇的地方就是只选择阻断回收血清素的部分，尽量不影响其它神经传导物质的功能，而不像传统的三环抗郁剂，全部阻断回收神经传导物质的路，造成大范围的影响身体功能。
百忧解已经上世二十年，药厂们也都接踵推出更新、副作用更少的新药，使用相同原理的药物还有乐复得、克忧果、无郁宁，这三种药都比百忧解还新，出现的副作用也类似，令医师不解是，虽然是相同原理，但有些人就是有疗效或是会出现某种副作用，但有些人不会，因此推论和个人体质有关。除了血清素，可别忘了还有正肾上腺素也是和忧郁症有关，所以药厂再接再厉地研发出阻止回收正肾上腺素的药物。正肾上腺素的功能是帮助记忆力，参与睡眠的控制以及维持积极的心情。
适量的正肾上腺素可以帮助记忆、提振精神、恢复性欲，但是若是过量会造成失眠、性无能、胃口减低等，所以一旦大脑的正肾上腺素浓度可以增加时，人的精神、能量与活力也会跟着改善。
“速悦”的作用机转就是血清素正肾上腺素再回收抑制剂。这是国内常用的的药物，特点是药效作用比单纯的只阻止血清素回收还要快，若是一开始使用高剂量，可以一周内减轻忧郁症的症状。
“乐活忧”的作用机转是直接阻止回收机制的的发生，这是一款刚引进台湾的药物，药理作用的结果与 SNRIs相似，同样是提高大脑中的血清素和正肾上腺素的含量，只是机转不同，通常二至四周内可以发挥效用。
“威博隽”作用机转是正肾上腺素多巴胺再回收抑制剂，因为这两种神经传导物质增加时，可以让人精神提高、情绪变积极，但此药并不作用血清素，所以没有百忧解类似药物的副作用，而且因为作用到多巴胺有关的成瘾机制，所以也有用于戒烟的用途。
其它治疗忧郁症的二线用药还有：情绪稳定剂如锂盐（ Lithium）、帝拔癫（ Depakine）、癫通（ Tegretol）等，这是主要治疗有躁郁症病史的忧郁症患者。苯二酚类如 Xanax、 Serenal、 Ativan、等，主要是治疗忧郁症常合并出现的焦虑或失眠的症状。另外对较严重一味想自杀的患者也会考虑电疗。