催眠治疗在医学的应用包括癌症或其他慢性疾病的疼痛控制，有些研究指出某些病人在催眠治疗当中，给予糖果锭所甚至可以达到吗啡（Morphine）的止痛效果，催眠治疗还可以用来减轻外科医师清除烧烫病人伤口的溃烂组织、儿童接受骨髓抽取（Bone marrow aspiration）检查、怀孕妇女生产的急性疼痛。正阳子的散射研究（Positron emission tomogram，PET）指出催眠治疗进行过程中，右大脑半球的带状皮质（Right anterior cingulate cortex）新陈代谢速率减缓，而右大脑半球的带状皮质据认为属于更高层的痛觉控制中枢，与痛觉的登录（registration of pain）有关，与颅顶皮质（Parietal somatosensory cortex）较低层的疼痛控制中枢不同，利用催眠治疗进行疼痛控制并不会引起血压升高、心跳加快的交感神经活动亢进现象。除了疼痛控制，催眠治疗还可以用来治疗某些气喘、皮肤疾病、大肠躁症（Irritable bowel syndrome）以及癌症化学治疗引起的恶心。在精神医学方面，催眠治疗可以加强加强临床行为心理治疗的效果，例如肥胖症、失眠、焦虑等，但对于药瘾酒瘾的疗效不彰，戒烟效果则存疑。
受催眠者需要高度信赖治疗者，才能成功的进入催眠状态，生性多疑、强迫人格或者经常缺乏安全感，都不适合接受催眠治疗。
学习催眠治疗的并不困难，因此催眠治疗很容易遭到滥用，临床上催眠治疗应定位为辅助疗法，病人应先找相关部门的医师看诊，先接受各科别的正规治疗，再配合催眠治疗，加强各种治疗的效果。