除了中枢神经传导物质的发现，目前对于患者脑部影像学也有了新的认识：利用正子造影，发现强迫症患者的脑部前叶、基底核、尾核、扣带回的脑部活动增加，而经过治疗之后（包括药物或行为治疗），这些地方的脑部活动就会恢复正常，显示脑部这些区域跟强迫症有关。神经生理学的研究发现强迫症很可能跟生理的病变有关。详细的情形尚待进一步研究。
药物治疗方面，传统三环抗忧郁药物Clomipramine与很多新一代的SSRI抗忧郁症药物都能够治疗强迫症。如果持续治疗有70-80％的强迫症病人，对药物有反应，症状获得轻至中度的改善。但仍旧可能有失眠、恶心、腹泻、头痛、焦虑、坐立难安的副作用。并非每个人都会产生这些副作用，而且，即使出现这类副作用，只要继续服药一段时间，副作用就会慢慢消失。
一般而言，强迫症的治疗需要使用比忧郁症更高的药物剂量，例如百忧解，在治疗忧郁症时，可能只要每日20毫克即有效，但治疗强迫症时，可能得用上80毫克，等于是四倍的药量。而且必须给药六到八周之后，药效才会慢慢出来，等到强迫症状消失了，得到疗效的病人常急切地想停药，但是证据显示太早停药会更快复发。因此建议症状改善后仍旧得给药十六周，防止强迫症状复发。当减药时，每二个月减一次药会比二周减一次药会有更大的益处。病人当症状再发时要即时回来门诊求助。
对于第一线的抗忧郁药物治疗没有反应时，医师通常会加入辅助药物或第二种抗郁剂。例如BZD类抗焦虑药物Clonazepam、buspirone、或锂盐。一般而言辅助药物不必加到极量就有临床效果。若病人仍然没有反应，可用其他种类的抗郁剂，例如venlafaxine、MAOI、抗癫痫药物、抗精神病药物等多种药物合并使用。
除了药物治疗之外，行为治疗也是一个很有效的方法。主要是透过系统减敏法、中断思考法、洪水法、与逆向制约法，教导患者如何去打断强迫性思想、抑制强迫性行为的产生。证据显示行为疗法的效果不比药物治疗差，而且，一旦治疗成功，复发的机率也比药物治疗低，显示制约学习与条件反射与强迫症的关联。
治疗的成效是显著的，大约80％的强迫症病人对于任何形式的治疗有效（其中有20％是完全无症状，50％是非常进步，且可以适应社会，14％稍微进步，有社会适应障碍）。通常强破症患者只要足够的药物剂量与治疗时间，绝大部分的患者的病情会显著改善。在药物治疗大约三个月之后，合并认知行为治疗将剩余的症状解除。认知行为治疗的形式可以是个别的也可以是团体的，在经验上用团体治疗的方式会是最经济、有效的治疗模式。
剩下的16％顽抗性病人对于任何形式的治疗均无效，此时，就只好采取更激烈的治疗手段。电气痉挛疗法是一种可以考虑的办法。将患者的头部通以短暂的电流，诱发癫痫发作。或者考虑脑部手术。例如：脑部的扣带回切除（cingulotomy）后，约有25~30%的患者症状能得到改善。但这项手术的争议性很大，不少患者会在术后罹患癫痫症，因此，必须强迫症的症状极度严重，其他治疗都无效才能进行。