医疗支出就如同国防军购一样的吊诡，武器买了不用，当作军事玩具，糟蹋民脂民膏，万一爆发战争，真的派上用场，台湾立即沦为人间地狱，到处生灵涂炭！尽管只是擦枪走火，也会造成经济崩盘，因此国防预算必须根据既定的政治目标，订出经济上能够承受的底限，而不是盲目的进行军备竞赛，前苏联被庞大的军费拖垮最后瓦解，就是最好的例证！医疗费用、就医便捷性与医疗品质，三者之间互相矛盾，想要就医方便，享受高品质的医疗照顾，另一方面却压抑医疗支出的成长，是现阶段最大的盲点，医疗费用仍需受到规范，不可能无止境的膨胀，排挤其他支出，拖累经济，一昧追求尖端的医疗科技绝不可行，再了得的仙丹妙剂，如果不符合市场经济的需求，终究只是空谈。
健保为了因应庞大的医疗开销，制定出总额预算（global budget）的给付办法，将基层医疗院所和地区医院等级以上的医疗机构，切割成两个区块，所有医疗品项都被赋予某个点值，根据每家机构营收的点值，分配原来隶属的健保大饼。健保总收入日益捉襟见肘的情况下，又衍生出浮动点值的办法，健保局每个月根据每家医院申报的点值，给予大约九成五的金额，年终时统计该年度的总点值，计算出每一个点值代表的实际金额，溢价的部份再从第二年的申报费用扣回去，过去每家医院不断的创造业绩，到头来反而造成点值大幅滑落，第二年的营收大打折扣。自主管理方案则是总额预算下的小总额，依据前一年的营收订出今年的上限，健保局允许3至4%的成长空间，实际的业绩如果超过健保设定的上限，由医院自行吸收成本，天下没有百吃的午餐，自主管理方案中为了防止医疗品质下滑，或者将重症病患当成人球，设定许多品质指标，参加该方案的医院不得筛选或拒收病人，定期稽核未能过关的医院将被剔除。
各医院为了因应总额预算和自主管理方案，无不使出浑身解数，开源部份是积极找出自费项目，以弥补健保的不足，例如发展美容整型医学；节流部份则严格管控人事及药品成本，采取人力取代方案，非专业的项目逐渐转移到较低阶层的人员，或者外包给人力公司；药品部份则使用具有价格优势的药品或耗材，例如以本国药取代进口药，甚至订出医师每个月的用药额度（quota），超出的部份由医师的薪水扣除，某些不得不用的昂贵药品则限用一定配额。各医院积极因应的结果是不断的产生反效果，不少医师提早用完配额，干脆休假不再看病，月底才来看病的民众被告知下月请早，过去效果较不理想但是价格便宜的药品又再度咸鱼翻身。