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肌筋膜疼痛症候群和纤维肌痛症候群，在临床上有时会让人混淆。纤维肌痛症候群(fibromyalgia)是另一种结缔组织的疾病，读者可以参考愚写的“纤维肌痛症候群是什么”一文。

根据统计，类风湿性关节炎的患者，大概有16%患有纤维肌痛症候群，它和肌筋膜疼痛症候群有下列几点不同：
第一，肌筋膜疼痛症候群是局部性的疼痛，而纤维肌痛症候群则是全身性的疼痛。
第二，男女罹患肌筋膜疼痛症候群的比例差不多，而纤维肌痛症候群则以女性为多。
第三，由于纤维肌痛症候群被认为是类风湿免疫系统的问题，所以一般预后比较不好，而肌筋膜疼痛症候群则否。

那么，什么原因会造成肌筋膜疼痛症候群呢？其实原因说起来真的很多，像是车祸外伤、运动员训练过了头、神经病变、生活习惯、日常生活的姿势(包括生物工学)、身体结构是否异常(例如脊椎侧弯、两腿不一样长)，以及生活上的压力等等，都有可能形成痛点和反射疼痛区。

Travell也提到肌筋膜疼痛的人，常因为缺乏维他命B1、B6、B12、C，以及叶酸，而出现这样子的症状，但是这样子的主张并未得到绝对的认同。

最后，心理不健康也容易有肌筋膜疼痛的问题，像是动不动就焦虑、沮丧的人，都比较会有这样子的身体困扰。