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日本的器官捐赠协助系统是从1985年开始运作的。初期的组织是属于医院系统内的，独立于医院系统之外的器官移植网络（JOTNW）建立于1995年。由厚生省资助的协助人资格与身份的研究计划，目的是对医疗关系者及一般民众普及正确的移植医学相关知识，在器官移植（包括细胞、组织和脏器）过程中对器官提供者及家属给予协助，联络并协调器官提供者家属与关系者的应对策略，以及对于希望提供器官一方和需要器官移植一方的管理和指导，向医疗机构联络器官移植的具体事宜等业务。
器官捐赠协助系统的开启是为了确保日本像欧美国家一样让器官移植的过程变得更顺畅。厚生省在1990年推动新的肾脏移植推动员辅助金事业后，在地区肾移植中心和急救中心配备了肾移植推动人员，即为现今的器官捐赠协助制度的基础。
1995年，做为新的器官移植公司化系统一环的“财团法人化的日本器官移植网络”（JOTNW）成立，职员由县市推荐。1997年制订了脑死及器官移植的相关法律，使提供移植用器官相关的工作成为JOTNW的专项事业。
器官提供时的功能
当捐赠者提供器官的状况发生时，从得到消息到器官运送完毕，为保证整个过程顺利进行，需要JOTNW系统在关系人和关系机构间建立协调。不同国家对脑死判定下的器官移植或心脏停止跳动状态下的死体肾脏移植规定有所不同，专职协助机构要向关系人做解释说明。
捐赠者通常具有具法律效应的书面意向及家属同意书。当状况发生时，立即向协助机构通报，现场经急救医生确认评估捐赠者为脑死状态以及器官提供的可能性后，依照医院内的器官移植相关规定与捐赠者家属进行沟通，说明捐赠器官的意义、手术过程可能出现的问题及处理等。在这些说明结束后，根据脑死判定结果和家属承诺制成器官捐赠承诺书。此后，协助机构还要与家属做适当的会面，听取他（她）们的后续要求。
承诺书完成后，协助机构的工作人员既要协助院方进行三次的脑死判定及确认脑死判定证明书和移植前的准备（组织相容性检定、感染性检测等）也要联络好受捐赠者及移植的相关设施。
出于保护捐赠者及家属的立场，协助机构的人员要和家属协商出可公开的资料。
器官摘除手术全过程协助人员都要有纪录，要确保器官搬运过程的畅通（包括运送方式及途中的管理）。
器官移植完成后的事务
捐赠协助机构在器官移植完成后，一方面就移植的结果要定期向医院提供报告，参加相关病例的报告会，另一方面也要定期对捐赠者家属进行访问，以感谢他们的支持。
器官捐赠协助机构负责登录及整合志愿者的资料（包括HLA typing）、器官移植需求者的申请资料，也负责决定受捐赠者的人选。
由于协助机构建立的目的是使器官捐赠来源更加容易，因此，做好宣导和普及也是该机构的首要任务。
器官捐赠协助机构的理念是把脏器移植不仅做为医学问题，也做为社会问题来看待。因为捐赠者原本为有善心的一般民众，公平的脏器提供与分配制度才能使这项事业得以保障，其中包含着高度的责任感与道德伦理。
摘译自 日本临床 2005年 63卷11号 p1922-1927 作者：加藤浩