运用在顺势疗法治疗上的药物来源，包括本草、动物、矿物等，几乎自然界的任何物质，都可能被运用于顺势疗法的制药用途上，当然这也包括有毒、无毒，可以吃或我们认为不能吃的成分，因此在不了解顺势疗法精神及原理的情况下，当你看着顺势疗法医师或治疗师所开出的处方签，或者是已调配好的顺势疗法成药内的成分，连可怕的剧毒砒霜（三氧化二砷）都可能出现，还有一些传统的毒草、矿物等，不过药物来源百分之百来自天然成分，也是顺势疗法治疗药物的原则，高倍稀释是顺势疗法制药上，非常重要的手续，这也使得这些毒性已不复存在，极微量的成分，只是刚刚好具有刺激人体产生自愈能力的效果，而顺势疗法成分中有着如3X、6X、9C、30C等的剂量标示方式，其实代表的正是稀释倍数讯息，与一般传统标示mg、mcg重量剂量的方式并不相同。
顺势疗法药物的制程极为严谨，由于有效成分通常是在极微量的情况下发挥作用的，所以些微的污染或操作错误都可能影响药效，另外，制程的正确度也是确保药物安全的重要关键，因此欧美各国对于顺势疗法药物的制造厂，都有严格的规范，同时每种顺势疗法的用药，都需要纳入各国卫生部门的管理系统，就连对健康食品管理松散的美国，也有一套针对顺势疗法药物的严格管理规范。
尽管顺势疗法药物内容，千奇百怪，有毒无毒、一般食物、动物昆虫、矿物等都可以入药，这点倒是和中药药材有些类似，不过运用在健康状况的改善及疾病症状的改善，却是极为安全，同时没有副作用的，因此就连小孩、孕妇都能使用。
尽管顺势疗法的用药是安全无毒的，但是最常运用在顺势疗法的单方药物就多达两三千种，当然如何合并使用及剂量比例的调配原理，都是需要在专业的顺势疗法医师或治疗师，根据个人的体质、症状，在详细的问诊及处方下，才能安全有效的达到预期的治疗效果，不过许多经常被运用在常见疾病症状，如感冒、头痛、失眠、挫伤疼痛、经前症候群、月经痛、紧张症、腹绞痛、小孩夜尿症、腹泻等的急症上，有着流传已久的既有成方，是很适合一般个人或家庭作为自我医疗（self medication），促进自愈能力的保健上。