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因为子宫内膜异位症会（1）分泌过多的前列腺素（2）也会有自动免疫系统的异常活跃（3）增加巨噬细胞的数目（4）因为排卵障碍引发的黄体机能不足（5）因为子宫内膜异位症破坏卵巢，使得卵巢排卵数目减少，或因为巧克力囊肿，曾被手术而过度切除卵巢组织，使得剩下的卵巢组织不够多，这些都会影响子宫内膜异位症病人的怀孕率。
因此，子宫内膜异位症做试管婴儿，要同时注意到这些不利因素，而加以改进，以提高怀孕率：
（1）服用低剂量阿斯匹灵。
（2）服用类固醇以减低自动免疫。
（3）胚胎植入后要补充黄体素及人类绒毛刺激素。
（4）若有巧克力囊肿，可以先用"超长疗程"（先打2剂性释素协同剂，再进入试管婴儿之前（或取卵中）以阴道超音波导引抽取巧克力囊肿，并送病理检验。
另外值得一提的是一旦子宫内膜异位症病人怀孕之后，会比一般人容易流产，这是因为黄体机能不足；自体免疫系统干扰着床；前列腺素引起流产，因此，有多家研究都证明子宫内膜异位若是没有治疗（手术及打针性释素协同剂）则流产率很高，但所幸如果经过腹腔镜手术及打针（性释素协同剂），则可以大大减低流产的比率，比如：中度子宫内膜异位症完全没有经过治疗的流产率高达百分之八十五，反观如果有治疗，可以减少流产比率降到百分之二十。
有的子宫内膜异位症病人常常担心做了试管婴儿之后，胎儿畸型会不会增加，别担心，据统计，子宫内膜异位症病人怀孕生子的胎儿畸型率并不会比一般人为高，因此，就这一点，你大可放一百颗心！