过去认为以RU486内科给药的人工流产优于外科的子宫刮除术（Dilate and Curette），服用RU486的确可以减少麻醉及手术的风险，例如手术过程的出血、微生物感染及术后不适，但是使用RU486的时机通常胎儿周数较小（怀孕7至8周以内），外科方式的人工流产则是胎儿周数较大的情况，手术复杂性更高，将两者承受的风险互相比较，不甚公平，同样的，面对高危险妊娠，譬如妊娠糖尿病、心血管疾病、严重贫血、凝血功能异常等，使用RU486必须非常审慎。RU486引起的堕胎，有时会引起大量出血，如果孕妇或家人的警觉性不足，住家附近又没有医院附设的急诊，可能来不及输血因而致死。此外，RU486造成的身体不适，常见的有恶心、呕吐、腹泻、腹部绞痛等症状，较少见则有心悸、微生物感染等。
RU486价格昂贵，人工流产的过程可能出现某些危险的合并症，并不适合作为一种事后避孕丸，只有确实怀孕了又想要终止怀孕才能服用，RU486使用不当的确会造成当事人的灾难，甚至因而致命，但绝对不是某些人宣称的“性泛滥”。
外科方式的人工流产常造成当事人强烈的罪恶感，但是这类的心理冲击纯粹是想像的，死去婴儿的形象在梦中萦绕不已，RU486的堕胎过程，孕妇在家中如厕时，可能不经意发现经由产道排出的胚胎组织，妇产科医师必须事先作好相关解释，以免引起过度的震撼和恐慌。