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子宫内膜异位症除了造成腹部疼痛外，不孕症是罹患该症妇女最伤脑筋的问题，一般而言子宫内膜异位症疾病愈严重造成不孕的机率愈高，但并非绝对成正比，至于其造成不孕症的真正机转目前不是很明确，初步研究认为与子宫内膜异位造成卵巢因黏连包住排卵、或因发炎反应形成发炎物质、以及会产生影响输卵管捕捉及输送卵子功能的前列腺素等有关，尤其卵巢和输卵管黏连更会造成自然怀孕的机会降低。而骨盆腔局部发炎反应、无排卵黄体化滤泡症候群、黄体期缺陷、分泌抓卵抑制素及胎盘白质等也都是子宫内膜异位症造成不孕的原因。卵巢巧克力囊肿会使卵子数目减少降低受孕的机会，而子宫腺肌症太靠近子宫内膜或范围太大会降低着床的机会。
治疗子宫内膜异位症一般分为药物治疗和手术治疗。治疗前会评估病人年龄、是否生育及希望接受何种治疗方式。药物治疗不认为可以将子宫内膜异位症完全根治，而只是一种辅助治疗。腹腔镜手术是诊断的必要方法，一些妇女惧怕腹腔镜而希望有不同于手术的另类疗法，药物疗法可视为一种短期压抑疾病的权宜措施，使用药物使得异位的内膜细胞萎缩或减少，进而使造成不孕或引发经痛的影响降低，藉由改善体内免疫系统吸收病灶；或趁病状减轻的空档赶紧怀孕或进行手术，以去除残余组织来降低再发的机会，都是使用药物的主要目的。
治疗子宫内膜异位症的药物，主要有两种：
1、疗得高和黛美痊：属于一种男性贺尔蒙衍生物，主要作用乃是抑制体内女性贺尔蒙生成，副作用如体重增加、长青春痘、皮肤油腻、毛发微粗及肌肉抽筋等。
2、脑下垂体性腺荷尔蒙拮抗剂： 目前有短效的喷鼻剂型及长效的针剂型。主要是抑制脑下垂体性腺贺尔蒙的分泌，副作用如脸颊发热、失眠、腰酸背痛以及心情烦燥的现象，但不常发生；另有一副作用必须说明，即使用这类药物如超过六个月便可能出现骨质疏松的可能性，但是停药之后即可恢复。
以上药物均可以改变病人免疫功能，并且临床上也确实有改善症状的作用，主要作用均是降低体内女性贺尔蒙浓度，使赖以维生的子宫内膜异位病灶停止生长，甚至萎缩，以达到减轻病症的目的。但两种药物的作用机制及方式，却是南辕北辙，所造成的副作用，亦各自不同，这也是女性在接受治疗时最关心的问题。 其他如黄体素以及口服避孕药也是被考虑使用的药物。