1、免疫抑制药物的发展：排斥 (rejection) 是器官移植后所要面对的重要问题之一， 它可分为超急性，急性与慢性排斥等。目前的医学仅对急性排斥能有效的加以控制。而肺脏又是器官移植当中较容易发生排斥者。所以如何预测高危险群的病人 (比传统交叉比对 cross matching 或 panel reactive antibody 更好的方式) 并加以预防，如何及早更准确 (高 sensitivity 及 specificity)的侦测排斥的发生， 以及更不具侵袭性的诊断方式(与病理切片相较)。在药物方面，如何设计最有效的预防排斥处方，研发新一类的抗排斥药物 (如 costimulation factor (signal 2)抑制剂) 都是发展的重点。如何使用生物科技 (如 transgene 或 gene knock out)或免疫学原理减低宿主对外来器官的排斥反应 (chimarism或tolerance)也都是发展的重点。
2、感染的问题：由于器官移植后的宿主须长期接受抗排斥药物的治疗，所以身体的抵抗力降低。而肺脏因以气管与外界空气接触，所以感染的机率较其它器官高出许多，也更难控制。目前由于抗生素的滥用，许多抗药性的菌种 (如MRSA， enterococcus) 都已出现。而少数有效的抗生素(如 vancomycin)毒性甚大，与抗排斥药物合用更会造成肾功能的重大影响。所以感染控制的原则与药物的研发都是发展的重点。在病毒方面，传统 HSV或CMV，以及地区常见的hepatitis B or C virus (台湾常见)，RSV (欧洲常见)的侦测，预防与治疗都有许多努力及发展的空间。真菌的感染，尤其是aspergillus常造成棘手的问题，甚或危及生命，如何预防与新药发展都是重点之一。如何发展更具特异性的抗排斥药物，使得外来器官不受排斥，但对感染的抵抗力不受影响，也是相关学者梦寐以求的理想。
3、慢性移植器官功能失调 (chronic allograft dysfunction， CAD) 的问题：CAD 的产生通常在器官移植数年后逐渐发生，也可能更早发生。CAD 见于许多器官移植，而可能的因素甚多，如移植物缺血，再灌注伤害，急慢性排斥，感染(如CMV) 都有可能。而肺脏的临床表征为闭锁性细支气管炎 (bronchiolitis obliterans， BO)。这种疾病目前仍无有效的控制方法，有少数长期严重病人可能须重新更换器官。这一方面的研究与发展仍是相关学者未来努力的方向。
4、捐赠器官来源的不足：目前器官来源主要来自脑死的患者。肺脏也不例外。不过脑死患者的肺部水肿或感染常造成器官无法使用的状况。如何照顾脑死患者，减少器官保存中间过程的伤害是未来发展的重点之一。此外为解决器官不足问题，使用亲属器官捐赠是一可行之法，但牵涉伦理的问题，目前肺脏已有使用， 但不普遍。还有可以考虑使用尸体无心跳器官 (即 non-heart-beat donor) 或动物器官 (即 xenograft)，目前仍在研究阶段，尚有许多问题有待突破。
解决您 ”心肺” 之患 (Part 1)