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慢性C型肝炎治疗结果的判读，是以血清肝功能ALT值恢复正常，以及C型肝炎病毒RNA基因用聚合脢链反应（polymerized chain reaction, PCR）法测量不到来判断。其判断的时机为治疗刚结束时（ETR），若两者都恢复正常，则称谓“持续性反应”（SR）。
6个月后的持续性反应（SR-6）为治疗成功与否的关键，如果能持续，表示治疗有效。治疗过后于12个月内肝功能又上升者，称为C型肝炎的“复发反应”。如果在治疗期间肝功能上升，我们称之为C型肝炎的“突破反应”。
西方早期临床研究结果显示，单独使用α-2b干扰素治疗6个月，于治疗终止时血清ALT恢复正常者占35~50％，血中C型肝炎病毒RNA基因测不到者占27~35%，追踪6个月后，血清ALT持续6个月正常者仅有8~21％，血中C型肝炎病毒RNA基因仍然测不到者只占8~12％；使用干扰素持续治疗12个月的肝功能正常比率与治疗6个月者没有显著得差异，但是C型肝炎复发率明显降低，只占19~42％，几乎是6个月的两倍之多。
因此，美联邦食品暨药物管理局（FDA）在1997年核准α-2b干扰素治疗慢性C型肝炎由6个月延长至12个月。单独使用α-2a干扰素或α-n1干扰素的临床效果，与α-2b相似；使用一致性干扰素治疗效果与α-2b干扰素相似，而且相当安全。
台湾地区早期的临床研究结果，针对50名慢性C型肝炎患者分组给予α-2b干扰素治疗6个月，结果与西方国家类似。使用一致型干扰素临床试验的效果明显比西方国家好。
由于干扰素的治疗副作用大，效果也有限，因此其他治疗方法陆续被研发出来，例如组合疗法或单独使用长效型干扰素。美国国家健康研究院（National Institudes of Health, NIH）2000年最新的综合报告指出，干扰素结合另一种口服类核甘酸抗病毒药物Ribavirin的组合疗法可以大幅提升慢性C型肝炎的治疗效果。组合疗法与单独干扰素治疗相比，治疗6个月后血中C型肝炎病毒RNA基因测不到的比率为两倍之多，治疗12个月的效果类似，但是复发率较低。
在治疗之前，是否有预后因子可以帮助我们判定治疗效果？根据慢性C型肝炎治疗预后因子的回溯性研究中，目前认为属于第一基因型、治疗前C型肝炎病毒 RNA浓度较高、或肝硬化的患者，治疗的预后较差，第二或三基因型的治疗维持率约为第一基因型的两倍。治疗当中肝功能ALT越早恢复正常者预后越佳。
因此NIH建议对于从未接受治疗的慢性C型肝炎患者，Ribavirin每天口服1000~1200mg，合并α干扰素300万单位，每周注射三次，治疗满6个月时，评估肝功能ALT和C型肝炎病毒RNA。属于第二或第三基因型的患者可停止治疗，而第一基因型的患者，若C型肝炎病毒RNA测不到，须再进行6个月的组合疗法；若C型肝炎病毒RNA仍存在，表示治疗没有反应，应停止组合疗法。顺利完成组合疗法后的6个月，须进行ALT与C型肝炎病毒RNA的再评估。
至于未来是否能够发明C型肝炎病毒？目前已知C型肝炎病毒为RNA病毒，和爱滋病毒一样，是相当狡猾的病毒，会藉由不断的基因突变，改变外套蛋白。所以目前C型肝炎病毒没有疫苗可供预防。读者也许不知道，在欧美先进国家，对于慢性C型肝炎和爱滋病是一样的恐惧。因此防范C型肝炎，应该先避免病毒的感染，才是上上之策。