全世界至少有5％的人口是B型肝炎表面抗原阳性的带原者，而其中约有75％分布在亚洲及大洋洲地区。台湾是B型肝炎的高度流行区域，约有15％到20％的人口带原，且有80％到90％的感染率，这些B型肝炎带原者是罹患慢性肝炎、肝硬化、和肝癌的高危险群。
在台湾地区的十大死因中，恶性肿瘤长年高居第一位，而肝癌是男性恶性肿瘤的首位，是女性恶性肿瘤的第二位，约占所有癌症死亡的五分之一，而肝硬化也占十大死因的第六位，可见肝炎对于国人健康影响之巨。
根据陈定信教授长年对于台湾地区B型肝炎自然病程的研究报告，带原率与感染的年龄有关，早期的研究显示，孩童时期来自母亲的垂直感染特别容易形成慢性肝炎，青春期之后的水平感染较能够激起免疫反应，急性肝炎之后也较不容易形成慢性肝炎。
基因学的研究也指出，孩童时期的免疫系统尚未健全，感染B型肝炎之后病毒的基因会嵌入肝细胞的基因中，长期潜伏在肝细胞中，使得病毒顺利逃过免疫系统的攻击。青春期后免疫系统开始发挥功能，对于异常的肝细胞产生毒杀作用，此时病毒虽然部份被清除，但是肝脏也损失不少细胞。临床上出现一次又一次的肝炎发作，伴随肝功能异常，少数患者会有轻微黄疸。
若病毒被成功地廓清，e抗原会转为阴性。在这个过程中，肝脏因为持续发炎，有部份患者会出现纤维化的瘢痕组织，这种组织长成结节后，就成为肝硬化的病变。廓清期之后，残余在肝细胞基因中的病毒基因仍然会不断制造病毒颗粒，最后常导致肝细胞基因毁损，修补机制若无法及时修复基因，往往使得肝细胞癌化。
了解B型肝炎的自然病程之后，再来谈如何治疗。慢性B型肝炎除了要定期追踪肝功能的变化之外，胎儿蛋白（AFP），超音波扫描也是相当重要。大多数的患者仅需要追踪而不需要进一步治疗，只有在某些特殊的情况下，慢性B型肝炎必须用药物加以控制。
按照病毒感染的动力学，理论上在感染初期及早治疗，可以减少后来演变成慢性肝炎、肝硬化、肝癌的机率。然而，临床上往往无法在第一次感染就给予药物，很多情况下，病人自己也不知道何时感染到B型肝炎，而成为B型肝炎带原者之后，又缺乏最佳的组合疗法，因此对于B型肝炎的治疗，我们仍然有一段路要走。
目前对于慢性B型肝炎的患者，只要血清ALT值高于正常上限的3倍、e抗原为阳性，就可以考虑接受治疗。治疗的目标有几项：肝功能恢复正常、e抗原消失转为阴性，而且停药之后能够继续维持。对于肝功能正常、e抗原阴性的健康带原者，目前并不建议治疗。
α干扰素是第一个被用来治疗B型肝炎的药物，也是临床上被证实有效的抗病药物，每周肌肉注射三次，连续治疗6个月，成功率约30到40％。
干扰素是一种人体自然的抗病毒物质，分为α、β、γ三大类。α干扰素抗病毒效果较好，通常在病毒入侵细胞之后会产生，它是一种警报系统，用来阻止病毒入侵其他健康的细胞，它可以抑制病毒进行基因复制，同时可以活化免疫系统，吸引毒杀性T细胞攻击被感染的细胞，进行清除病毒的工作。所以许多病毒感染的初期症状都相当类似，例如：肌肉酸痛、全身不适、倦怠感、恶心呕吐、发烧等。而感冒的全身症状很多都是因为干扰素所造成。
因此使用α干扰素治疗，其副作用最常见的就是“类流感”症状，合并有白血球血小板轻微下降的现象。但是不会有流鼻涕、咳嗽、喉咙痛等上呼吸道感染的症状出现，这一点和真正的感冒是不同的。由于干扰素治疗副作用大，因此近十年来许多新一代的抗病毒药物被研发出来。