在1989年之前，我们还无法诊断C型肝炎，所以只以非A非B型肝炎代表其他一些不知名的病毒性肝炎。一直到1989年我们能成功的检测出C型肝炎的抗体才一切恍然大悟，早期的检验方法不是很好，所以有很多的误差。
但是现代的检验已经非常准确了，搭配PCR的方法来直接测量C型肝炎病毒的RNA ( C 型肝炎病毒是RNA病毒 )，已能准确的测定C型肝炎了。现在一般都是以测量C型肝炎的抗体 ( 这和B型肝炎不同，在B型肝炎有表面抗体代表有免疫力，而在C型肝炎则不是 ) 来确定是否感染C型肝炎，但是光测定C型肝炎的抗体并无法帮助我们区分病患是处于疾病的活动期还是之前的感染已经恢复，所以必须搭配测验病毒RNA来辅助，因为有一些病人身上没出现抗体，可是病毒还持续存在。
以全世界的捐血民众血液筛检来看，C型肝炎的盛行率约为0.5-4%，但是这个数字随着国家与地区的不同而有所不同。台湾地区的盛行率大约在1-2%，但是在某些地区可以高达20%。C型肝炎的感染绝大部分是由血液传染的，性行为及母婴垂直感染都有可能，但是机会很低。一般而言，慢性C型肝炎病患约有40-50%的人曾经输过血，其他的原因可能包括：刺青、针灸、共用针头注射、牙科治疗时所传染。在台湾地区的统计发现，在某些高盛行率的地区常常都是重复使用针头注射所致。
感染C型肝炎常常是没有症状的，有一些病人会悄悄的进展到肝硬化。根据统计发现，约有一半的病人感染到C型肝炎时是完全没症状，有25%出现黄疸。在感染到C型肝炎后，超过60%的病人会变成慢性肝炎，在10年的追踪后约有20-30%的病人变成肝硬化。研究发现，在感染到C型肝炎变成慢性肝炎到出现相关后遗症时大约要10-14年，而大约要21年会变成肝硬化，然后28-29年会变成肝癌。
慢性C型肝炎会造成病人免疫上的一些改变，所以C型肝炎的患者会出现许多的肝脏以外的表现，这些情形包括：(1) 形成很多自体抗体 ( autoantibody ) ，如抗核抗体 ( anti-nuclear antibody, ANA )、平滑肌抗体 ( anti-smooth muscle antibody. ASMA ) ；(2) 免疫沉积病变：主要是 mixed cryoglobulinemia、肾炎与血管炎 ；(3) 其他免疫疾患，如：淋巴性唾液腺炎 ( lymphocytic sialadenitis ) 、甲状腺炎 ( thyroiditis ) 、扁平苔癣 ( lichen planus )和 porphyria cutaneous tarda。根据台湾地区的统计，大约有48%的慢性C型肝炎患者会出现自体抗体。
C型肝炎的治疗更是一大挑战，目前证实有效的治疗只有干扰素治疗，而C型肝炎疫苗的发展又迟滞不前，因为C型肝炎病毒的多变性。由于C型肝炎的病程明显比B型肝炎来的迅速，所以治疗慢性C型肝炎更是刻不容缓，我们目前的治疗目标有两点：(1)让肝功能回复正常以减缓肝脏的发炎与纤维化过程；(2)抑制肝炎病毒的复制，维持病毒RNA在血液中无法侧得。
标准的干扰素治疗疗程是以三百万单位干扰素一周三次皮下注射治疗半年 ( 病人都要自己学习打针 ) ，这样的疗程完成后约有40-70%的病人肝功能指数会回复正常，但是却不一定保证不会复发。目前的研究发现，肝功能指数的变化基本上与病毒RNA的量是平行的，当肝功能恢复正常时，大概病毒RNA也测不到了，但是并不是一定如此，而且那些测不到病毒RNA的病人还是有可能复发，因为任何一个测量工具都有极限，而且病毒可能躲在肝细胞中测不到。
有一些因素可以预测这个病人治疗的效果：
(1)年纪小于40岁治疗的效果比较好
(2)没有出现肝硬化的病人治疗比较好
(3)治疗前的病毒RNA量越低的治疗效果越好
(4)病毒的基因型是1b的效果比较好。除了干扰素之外，还有些抗病毒的药 ( 如 ribavirin ) 或是促进胆盐排除的药 ( 如 ursodeoxycholic acid ) 有一点疗效，不过效果都不理想，但是合并ribavirin与干扰素的治疗比单独使用单扰素来的有效。
C型肝炎的治疗是医师的下一个挑战，不仅因为病程的迅速，还有治疗上的困难及疫苗发展的困难，所以需要医师更大的心力投入，民众更是千万不能掉以轻心。