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根据最新的研究显示，激躁性肠道症候群的患者有肠道活动功能异常的现象，包括有大肠肌原活动的基础韵律性慢波显著增加，空肠的不连续群集性收缩及回肠的持续传动性收缩也有增加之现象；此外，激躁性肠道症候群的患者对于较少的肠气即可引发腹痛，可能与内脏感觉神经功能异常有关。
另外，激躁性肠道症候群亦可由于食物、内分泌、情绪等种种因素而引发造成，所以有些学者将激躁性肠道症候群称为脑部的疾病，而不认为它是胃肠的疾病。但其在脑部的作用机转，详细情形还有待进一步研究。总之，激躁性肠道症候群的原因并不是单一因素，可能是上述所提的原因加在一起所造成地。例如：压力只是其中一个因素，通常可以造成症状恶化但却非单一的原因。