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药物疗法是根据肥胖的病因病机采用中药复方或专方进行治疗，以调整脏腑功能，袪除脂痰等病理因素，从而达到减肥的一种疗法。近年来，中药治疗肥胖已从单纯的化痰攻下转向扶正袪邪、标本兼顾。目前常用防治肥胖之法有：健脾益气，如防己黄耆汤；利水除湿，如泽泻汤；袪痰化浊，如导痰汤、二陈汤等；补肾，如还少丹；调肝，如柴胡汤类；通腑，如防风通圣散；理气活血，如逍遥散。
分析有关资料，可将防治单纯性肥胖症的常用药物分为下列六类：(1)泻下消导药：大黄、番泻叶、牵牛子、山楂、麦芽、草决明等。(2)袪痰化浊药：半夏、白芥子、陈皮、厚朴等。(3)活血化瘀药：川芎、丹参、益母草、赤芍、当归等。(4)利水渗湿药：荷叶、泽泻、茯苓、苡仁、车前子、防己、茵陈、夏枯草等。(5)健脾益气药：黄耆、党参、白术、苍术等。(6)养血滋阴药：当归、生地、芍药、首乌、枸杞等。临床治疗本病可辨症选方或专病专方、或酌加专药以增强疗效。
推测减肥中药复方可能通过调节脂肪、碳水化合物等物质代谢和能量代谢、调节内分泌功能等途径发挥作用。