１手术前的评估及准备
过去在手术前需做心脏导管检查，用以评估感染所在的部位，及是否并发有瓣膜环上脓肿的生成。目前心脏超音波已能精确地侦测出赘生物及瓣膜环上脓肿，因此只在怀疑合并冠状动脉疾病时才需做心脏导管检查。
２二尖瓣的手术方法
对于自体二尖瓣的心内膜炎，修补手术不仅因为保留二尖瓣而维护左心室的收缩功能，又可避免人工瓣膜所需的长期服用抗凝血剂。虽然近来不断有人提倡二尖瓣修补术的优点，然而，二尖瓣置换术始终是感染性心内膜炎手术治疗最主要的方式。在作二尖瓣置换术时，将未受感染的瓣膜键索及乳突肌保留可增进术后左心室的收缩功能。然而，受到感染的组织务必要彻底的清除，因为任何残留的感染组织皆可能引起未来心内膜炎的复发及瓣膜旁的渗漏。
３主动脉瓣的手术方法
对于侵犯到主动脉瓣的感染性心内膜炎病患，手术治疗的重点是彻底清除所有受到感染的组织，包括赘生物及脓肿。当瓣膜环有超过一半的区域已被感染组织所破坏，或者主动脉与左心室之间有5至10公厘以上的缺损时，同时置换包括主动脉根部是可行的方法。
４三尖瓣的手术方法
三尖瓣的感染性心内膜炎通常好发于年轻的静注药瘾者，最常见的致病菌为金黄色葡萄球菌。对于发生在三尖瓣的感染性心内膜炎，单纯的发烧或白血球升高并不一定要开刀，手术治疗通常保留给血液动力学失去稳定或是在抗生素使用两周后仍有持续性败血症病患。三尖瓣的感染性心内膜炎手术方法包括瓣膜切除、瓣膜修补及瓣膜置换三种。
５手术后的抗生素治疗
需要外科治疗的心内膜炎病患一般要接受为期四至六周的静注抗生素治疗，至于手术后抗生素的使用期限则视术中的细菌培养结果而定。如果术中的细菌培养结果为阴性而病患术前已完成整个抗生素疗程，则手术后再使用七天的静注抗生素治疗即可。如果术中的细菌培养结果为阴性但病患术前并未完成抗生素疗程，则病患术后静注抗生素治疗应持续至疗程结束（术前加术后）。如果术中的细菌培养结果为阳性，则病患需要再接受额外的四至六周静注抗生素治疗。
三、手术结果
近年来所做的综合统计，自体瓣膜感染性心内膜炎的手术死亡率约为12%，而人工瓣膜感染性心内膜炎的手术死亡率则高达两倍，约为25%。在术后的十年存活率方面，自体瓣膜心内膜炎约为44%至70%，而人工瓣膜心内膜炎则为24%至55%。
结论
自从开始对内科治疗无效的心内膜炎病患施以瓣膜置换手术以来，外科治疗在感染性心内膜炎逐渐扮演更重要的角色，外科手术的适应症及技巧仍在继续精进中，以期使更多的病患重获健康。