引起周边组织栓塞的栓子多来自受到感染瓣膜上的赘生物，通常在此之前心脏超音波已可清楚显示。约有三至四成的心内膜炎病患曾经发生周边组织栓塞现象，但此机率自从抗生素普遍使用后已逐渐降低。虽然曾经有人报告说较大（大于一公分）的细菌赘生物并发周边组织栓塞的机会较高，然而并无法仅以赘生物的大小来预测栓塞是否会发生。
５脑部栓塞现象
关于发生脑部栓塞的病患是否适合手术治疗是一特别的课题，尤其因为原本单纯的脑部栓塞有可能因为手术中的体外心肺循环过程而扩大为出血性的脑梗塞。在研究报告中，特别是较小的梗塞，病患常可在瓣膜置换手术后得到功能上的改善。甚至已经陷入昏迷或重度单侧偏瘫的病患，有时也有完全康复的机会。当然，对于有脑部出血情形的病患，手术治疗时机必须延后。对于需要手术治疗的脑梗塞病患，在感染可以被控制以及血液动力学稳定的情形下，手术最好延后二至三周。
６持续性肾功能衰竭
肾功能衰竭代表身体周边器官对于心内膜炎的末期反应，通常导因于心脏衰竭状态的恶化合并低心输出量，免疫功能不良引起的肾丝球肾炎或肾脏梗塞。临床上约有5%至10%的心内膜炎病患合并有肾脏方面的并发症。当正在接受抗生素治疗的病患被发现有持续性肾功能衰竭时，不论其成因为何，通常代表感染无法完全控制而需要早期手术。