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慢性B型肝炎的成因是因宿主对B型肝炎病毒的细胞免疫机体不佳之故。一般而言，是毒杀性T淋巴球被B型肝炎病毒感染的肝细胞破坏，而造成肝细胞坏死，但若人体之细胞免疫机能不佳，便无法将B型肝炎病毒完全清除，而造成慢性肝炎。

细胞免疫机能不佳的机转有：
(1)抑制性T淋巴球的功能增强。
(2)毒杀性T淋巴球缺损。
(3)作用在细胞膜上的阻滞性抗体。
(4)B型肝炎病毒抗原HLA(基因复合体)无法呈现在肝细胞上。

总之肝细胞膜上的HBcAg及特异性的脂蛋白是主要的抗原，而毒杀性T淋巴球则是B型肝炎的主要免疫效应细胞。因此：
(1)如身体免疫反应和免疫调控机能正常，表达在肝细胞膜上的特异性抗原如HBcAg受毒杀性T淋巴球所攻击，HBV溶解而释如血循环中，被特异性的中和抗体AntiHBs结合，HBV被清除，感染中止而病愈。
(2)如身体免疫功能严重缺损或呈免疫耐受性，虽肝细胞内有HBV存在和复制，因缺乏有效的免疫反应，肝细胞没有或仅有轻度损伤，则表现为无症状带原者。
(3)如身体免疫功能低下，主要为清除功能低下，病毒得不到彻底清除，肝细胞不断地受到一定程度损害，则表现为轻度慢性肝炎。

慢性肝炎的自然病史可分三个阶段：
一、免疫容忍期(Immue Tolerance)
B型肝炎病毒在肝细胞中大量复制，血清e抗原阳性，HBV DNA浓度颇高；肝细胞损伤颇轻，血清AST ALT值正常，肝组织切片显示轻微的慢性发炎。

二、免疫廓清期(Immue Clearance)
免疫反应增强，杀毒性T淋巴球攻击被B型肝炎病毒感染的肝细胞，常伴有肝炎的急性发作和e抗原的血清转换。HBV DNA浓度下降；肝组织切片显示慢性活动性肝炎或慢性小叶性肝炎。

三、潜伏期(Latent phase)
血清ALT、AST值正常，e抗原阴性，e抗体阳性，HBV DNA崁镶于肝细胞DNA内以integrated DNA形式存在，肝组织切片可显示轻微变化或不活动性肝炎、肝硬化或肝癌。