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近来，美国的研究人员表示：大部分的人类胚胎干细胞株都可能无法应用于治疗上，因为身体的免疫防御将可能会攻击这些细胞。当研究人员将人类血清加入胚胎干细胞后发现，抗体会去攻击这些干细胞，也就是会将这些干细胞当做外来物质，可想而知，若将其植入人体将会引发免疫系统的排斥作用。

美国加州大学圣地牙哥分校的细胞生物学家Ajit Varki表示：“我们发现了这个严重的问题。这个问题主要是来自于人类胚胎干细胞在实验室中培养的方式。”

通常干细胞是和营养物质与其他细胞共同培养在细胞培养皿中的，这些环境可以提供这些干细胞营养并且贴附在一起，所谓的喂养细胞通常会选用来自老鼠的胚胎细胞，而营养物质通常含有动物血清，这些老鼠细胞表面含有Neu5Gc（唾液酸），而人类免疫系统会攻击它。最新一期的自然医学杂志中，Varki发表了一篇报告指出，人类在食用红肉及乳制品后，Neu5Gc会进入人体使人致敏，从而引起有害的免疫反应，最终导致心脏病和癌症。

科学家们长期以来便担心，利用动物营养素来培养人类胚胎干细胞的危险性，研究人员表示：“现在我们发现了一个确实存在的问题，但是这并不表示所有的细胞株都必须舍弃，不过，要将这些细胞运用在治疗上，还是要特别的小心。”

美国国家卫生院干细胞研究主力James Battey表示：“目前的干细胞株都不具有临床价值，但对于基础研究来说仍具有相当大的意义。事实上，这些干细胞株有助于发展不需动物营养素便可以培养人类胚胎干细胞的培养方式，进而减低安全性的顾虑。在尚未找到较佳的培养条件之前，唯有将那些尚未接触过动物营养物质的干细胞妥善冷冻保存起来。”