无疑，当我们尚未对SARS病毒蛋白的结构与功能有着更清楚的了解之前，全病毒减毒活疫苗之研发是多种病毒疫苗中相对省时的。然而，从长远的发展看，无论是建立特异性诊断方法还是研制更加安全有效的抗病毒疫苗，以致于研究SARS病毒的致病机转，都必须定位出与病毒功能相关的各种蛋白。
由于SARS病毒属于一种新的冠状病毒，因此，基因全序列分析的结果与其它冠状病毒比较可以确定它有着与一般冠状病毒相同的蛋白所构成。其中的结构蛋白之一－S蛋白位于病毒皇冠的突起处，被认为是SARS病毒的重要蛋白。
S蛋白位于SARS病毒的表面，是一个分子量很大的糖蛋白。在病毒感染细胞的过程中，它的作用是与细胞上的病毒受体结合使病毒包膜与细胞膜发生融合即而进入到细胞内。S蛋白刺激人体所产生的抗体具有中和病毒感染的能力。因此，这个蛋白本身的氨基酸序列发生变化就会严重影响到病毒的毒力以及病毒的寄主范围。对比结果发现，SARS病毒之S蛋白的预测氨基酸序列与已知冠状病毒S蛋白之氨基酸序列的相似性很低，仅为20-27％。虽然从这样的结果尚无法推测与其它冠状病毒在细胞受体结合的特异性以及抗原的差别究竟如何，但做为SARS病毒最重要的结构蛋白之一，仍是科学家关注的焦点。
有了S蛋白基因的全序列便可以利用人工的表现系统制备重组的SARS S蛋白，做为检测有无SARS抗体的诊断试剂，亦可以做为抗原免疫动物制备诊断及研究用途之单株抗体，也能用于生产SARS病毒之亚单位疫苗的材料。总之，S蛋白功能的确定，将为SARS的诊断与防治提供良好的基础。