此外，隐形眼镜的材质再进步，对眼睛而言仍是外来物，很容易诱发发炎反应，使得眼睛分泌物增加，这些分泌物会吸附在镜片上，增加发炎感染的机会，同时也会降低了镜片的透氧能力。因此，隐形眼镜的清洁与保养工作绝对马虎不得，而且在配戴之前，绝对要以无菌的生理食盐水将残留在镜片上的消毒浸泡液的化学成分冲洗干净，避免不必要的过敏与不适。
至于隐形眼镜的清洁与保养组合，市面上种类繁多，如何选择适合自己的清洁与保养药水是很重要的。因为清洁与保养药水的消耗量极大，尤其对于勤于清洁与保养的人而言，选购时可能以价格便宜为主要考虑，而除了价格因素之外，建议您选择包装完整，产品成份标示清楚，而且明白标示制造日期及保存期限者，而且是越新鲜越好。
而究竟那一种药水适合您，却又因人而异，因为个人体质差异，某些人对特定化学成份会有过敏现象，故无法一体适用，但基本上选择不含汞的药水较不会产生过敏性结膜炎，使用双氧水浸泡消毒者务必要浸泡足够的时间，让双氧水充分作用而且中和之后才可配戴，以免发生双氧水直接接触眼角膜所引起的角膜伤害，而且无论您使用何种清洁保养药水，在配戴隐形眼镜之前，绝对要以无菌的生理食盐水将残留在镜片上的消毒浸泡液的化学成分冲洗干净，避免不必要的过敏与不适。
目前一般的软式隐形眼镜，其材质的自然衰败时间大约是两年，也就是说，无论你是否经常使用，最保险的作法是两年换新，因为材质的衰败直接影响透氧的效果，长期的角膜缺氧会导致角膜新生血管的生成，严重的会造成角膜混浊而影响视力，而且缺氧还会使得角膜内皮细胞死亡，角膜内皮细胞是维持角膜清澈透亮的重要因素，无法再生，一旦数量减少到某一临界点时，角膜水肿，也意谓着这层细胞功能的崩溃，届时恐怕只有角膜移植才能重见光明。
医师也提醒，隐形眼镜的透氧率再高，戴在眼睛上对于角膜来说仍会阻碍其氧份的吸收，远比不戴隐形眼镜要低，尤其是长时间配戴时差异更大，最好不要戴着隐形眼镜睡觉，这是对角膜的慢性伤害，而且是累积性的，千万要小心注意。而隐形眼镜无论是抛弃式或是长戴型，每天配戴时间最好不要超过八小时，最重要的是每天摘下隐形眼镜后都要彻底清洗，并定期作去蛋白的工作，或送到原配镜处消毒清洗，顺便检查镜片是否有破损情形，防止眼睛受到伤害。